Mais do que restringir o uso das terras, APAs são estratégias de gestão ambiental. Portanto, a criação da APA Capivari-Monos só tem sido acompanhada de processos eficazes de planejamento e envolvimento da sociedade. Os principais instrumentos de continuidade deste processo são o zoneamento ecológico e econômico e o Conselho Gestor da APA.Para implementar as diretrizes definidas pelo zoneamento ecológico e econômico, o projeto da APA contempla programas a serem desenvolvidos pelo SVMA, em conjunto com o Conselho Gestor, entre os quais destacam-se: levantamento florístico, faunístico, arqueológico e fundiário; sistema de informações geográficas; educação ambiental; geração de renda através de atividades sustentáveis; ecoturismo e incentivo ao uso de tecnologias agrícolas menos agressivas e impactantes.